В 1999 году Борис Абрамович сыграл видную роль как в выдвижении Владимира Путина в премьеры, а потом в президенты, порекомендовав его в качестве преемника президенту Борису Ельцину и его окружению, так и в провоцировании вторжения боевиков Басаева и Хаттаба в Дагестан, что привело ко второй чеченской войне.
В 2000 году после катастрофы с подлодкой «Курск» и неправильного, с точки зрения Кремля, освещения этого сюжета на подконтрольном Березовскому ОРТ он рассорился с Путиным и после возбуждения против него дела по поводу хищения средств в компании «Аэрофлот» в 2001 году вынужден был эмигрировать в Англию. Там Березовский вел борьбу против Путина, обвинял его во взрыве домов в Москве и Волгодонске в 1999 году и создал Фонд гражданских свобод, финансировавший российскую оппозицию. В 2003 году Березовский получил политическое убежище в Англии.
В 2010 году Березовский подал в Лондоне судебный иск против другого русского олигарха, Романа Абрамовича, утверждая, что тот, оказывая давление, вынудил его и его партнёра Бадри Патаркацишвили продать принадлежащие им акции «Сибнефти» и «Русала» по заниженной цене в 2001 и 2004 годах соответственно. Березовский требовал компенсации в 5 млрд фунтов стерлингов. 31 августа 2012 года судья Коммерческого суда Лондона Элизабет Глостер объявила: «Я отклоняю иск господина Березовского в отношении “Сибнефти”, а также “Русала”» В итоге Березовский должен был выплатить судебные издержки, которые, возможно, превышали 100 млн фунтов стерлингов (только Абрамовичу Березовский согласился выплатить 35 млн фунтов стерлингов). После проигрыша процесса Абрамовичу Березовский находился в подавленном состоянии. Из-за необходимости выплачивать большие судебные издержки он испытывал дефицит свободных денежных средств и вынужден был уволить помощников, почти всю охрану, закрыть Фонд гражданских свобод и выставить на продажу несколько принадлежащих ему домов, картины и другое недвижимое имущество. Но точный размер состояния Березовского на тот момент неизвестен, поскольку значительную часть активов он держал на подставных лиц. Поэтому истинный размер своего состояния мог оценить только сам Борис Абрамович. По этой же причине невозможно достоверно установить, находился ли он в момент смерти на грани банкротства. Определенные проблемы для Березовского создало то, что Елена Горбунова, его бывшая третья жена, добилась заморозки активов Березовского, требуя больших выплат для себя и детей.
Тело Березовского было найдено 23 марта 2013 года лежащим навзничь на полу в запертой, как первоначально полагали, изнутри ванной комнате в доме, принадлежащем его бывшей второй жене Галине Бешаровой, которой в 2011 году он выплатил за развод рекордные для Англии от 165 до 220 млн фунтов стерлингов. Смерть произошла в местечке Аскот графства Беркшир в 40 километрах от Лондона. Первым тело обнаружил личный телохранитель Березовского Ави Навама, в прошлом агент израильской разведки «Моссад». По предположению следствия, бизнесмен повесился на собственном шарфе, предварительно отослав телохранителя с поручением. Однако шарф оборвался, и тело олигарха было найдено лежащим на полу. Никакой предсмертной записки не было найдено. По сообщению полицейского управления долины Темзы, обнародованному 26 марта по результатам вскрытия, Березовский скончался в результате повешения, при этом следов борьбы не обнаружено. Однако, по данным газеты The Guardian, при вскрытии выяснилось, что у Березовского было сломано ребро. Эта травма могла быть как прижизненной, так и результатом падения уже мертвого тела. В ходе слушаний детектив Марк Биссел объявил, что на шее покойного в момент обнаружения тела охранником был завязан узел из ткани. При этом один конец материи был затянут вокруг шеи, а второй прикреплён к перекладине шторки душа. Вместе с тем полиция не исключила причастности к смерти Березовского «третьей стороны». Ни одной посмертной фотографии Березовского до сих пор опубликовано не было.
27 марта 2014 года на слушаниях по делу о смерти Березовского в Лондоне следствие объявило, что шарф, найденный возле тела бизнесмена, мог быть орудием самоубийства. Патологоанатом Саймон Пул доложил, что повреждения, зафиксированные при вскрытии тела, характерны для самоубийства посредством повешения, в крови не было обнаружено ни алкоголя, ни наркотиков и не выявлено признаков борьбы, что опровергает версию об убийстве. Коронер Питер Бредфорд отметил: «Части разорванного шарфа совпадают. Множество волокон, идентичных материалу шарфа, было обнаружено на штанге душа в ванной комнате и на одежде господина Березовского – на шее и плечах. Результаты экспертизы свидетельствуют о том, что шарф разорвался в результате приложения силы, что можно объяснить весом господина Березовского». Было также констатировано, что ни один из лекарственных препаратов, следы которых были обнаружены в организме погибшего, не мог стать причиной его смерти в силу своего состава или слишком низкой концентрации. По мнению Бедфорда, «нет никаких свидетельств того, что Березовский был отравлен». В тот же день, 27 марта, старшая дочь Березовского Елизавета заявила, что в расследовании обстоятельств смерти отца остается слишком много белых пятен: «Я постоянно задаю себе вопрос: все ли было учтено в расследовании? У меня ощущение, что далеко не на все вопросы есть ответы. Мы только вчера установили, что замок в ванную, где было найдено тело, закрывался с обеих сторон. Если бы я не задала наводящие вопросы, все бы продолжали считать, что замок можно было запереть только изнутри». Родственники Березовского и независимые исследователи обратили внимание на то, что не было установлено, кому принадлежат отпечатки, оставленные в ванной комнате, равно как и личность мужчины, замеченного возле дома Березовского за два дня до его смерти. Кроме того, полиции не удалось объяснить, почему сработал сигнал радиационной тревоги по прибытии полиции, поскольку в ходе проверки правоохранители не обнаружили присутствия каких-либо радиоактивных веществ в доме, где погиб Березовский. В то же время Елизавета Березовская признала, что отец в последнее время подумывал о том, чтобы покончить с собой. Телохранитель Ави Навама на слушаниях утверждал, что «Борис говорил, что полностью разорен: его долги составляют 200 млн фунтов стерлингов, и он не может их погасить. Березовский постоянно повторял, что он превратился в самого бедного человека в мире». Но Борис Абрамович вряд ли бы стал открывать перед телохранителем свои тайные активы, оформленные на других лиц, да и вообще мог прибедняться, чтобы не увеличивать телохранителю жалованье. Вместе с тем в прессе появилась информация, что активы Бориса Березовского к моменту его смерти превышали 500 млн фунтов стерлингов (800 млн долларов), в том числе недвижимость во Франции и 200 млн фунтов стерлингов – претензии к наследственному фонду его бывшего делового партнера Аркадия (Бадри) Патаркацишвили, умершего в 2008 году. При этом его долги не превышали 30 млн фунтов стерлингов.
Немецкий судмедэксперт Бернд Бринкманн, специалист по асфиксии, нанятый семьёй бизнесмена для независимого расследования, не согласился с выводами других экспертов о самоубийстве. Он заявил, что погибший не мог сам повеситься, его удавили. Примечательно, что ранее именно экспертиза, проведенная Бринкманном, доказала, что близкий к Ватикану итальянский банкир Роберто Кальви, погибший в 1982 году в Лондоне, был убит, а не покончил с собой. Принимая во внимание мнение Бринкманна, коронер Питер Бедфорд вынес открытый вердикт по поводу обстоятельств смерти, констатировав невозможность достоверно установить обстоятельства гибели Березовского.
8 мая 2013 года Борис Березовский был похоронен на кладбище Бруквуд, графство Суррей.
Относительно смерти Бориса Березовского равновероятными остаются версии как самоубийства, так и убийства. В случае, если речь все-таки идет об убийстве, его заказчиками могли быть как Кремль, так и те неизвестные партнеры Березовского, на которых были записаны его активы. Среди них, в частности, могли быть наследники Бадри Патаркацишвили, против которых Березовский подал иск. Не исключено, что Березовский пытался забрать у них часть активов, чтобы расплатиться с долгами, и этим подтолкнул их к действию. Ведь смерть олигарха позволила бы заказчикам убийства оставить его активы в своем распоряжении. В любом случае, если смерть Березовского была насильственной, убийцы должны были некоторое время следить за домом олигарха и, возможно, прослушивать его. Выбрав момент, когда единственного оставшегося телохранителя не было дома, убийцы (или убийца) могли проникнуть в дом и расправиться с Березовским, инсценировав самоубийство. В случае если они прослушивали свою жертву, то могли знать о имевшихся у бизнесмена суицидальных мотивах. Не исключено также, что убийцы завербовали телохранителя Березовского. Однако версия самоубийства остается столь же вероятной, как и версия убийства.